Pertanian organik sangatlah diperlukan dalam proses budidaya tanaman khususnya di era sekarang dimana semakin banyaknya lahan kritis yang perlu rehabilitasi maupun remediasi. Namun, dalam penerapan pertanian organik perlu mempertimbangkan berbagai aspek karena tidak berarti pertanian organik akan memberikan dampak yang baik dan signifikan pada kondisi pangan dan lingkungan.
Penerapan pertanian organik akan cukup relevan dilakukan dalam skala kecil atau lingkup budidaya yang tujuannya bukan memenuhi atau mengejar stok kebutuhan pangan nasional. Hal ini dikarenakan dalam proses pertanian organik tidak semata mata mudah dilakukan pada semua lahan, Perlu adanya perbaikan kondisi lahan terlebih dahulu jika lahan tidak memenuhi syarat kesuburan tanah misalkan dengan memberikan input pupuk hijau dan membiarkannya terdekomposisi terlebih dahulu agar pada saat dilakukan penanaman tidak bergantung secara keseluruhan pada input kimia.
selain itu, perlu penyesuaian jenis tanaman dan kemampuan lahan khususnya kesuburan dalam menyokong pertumbuhan dan produksi tanaman. Jika ditinjau dari perspektif ilmiah, kesuburan tanah dapat ditinjau dari aspek N-total, kadar C-Organik, pH, maupun kondisi porositas dan mikroorganisme tanah, Hal ini diperlukan untuk menentukan jenis tanaman apa yang sesuai dengan kondisi lahan tersebut, sehingga tidak terjadi ketimpangan antara kemampuan lahan dan kebutuhan nutrisi tanaman jika misalkan input kimia dikurangi secara signifikan.
Pada akhirnya, pertanian organik sangat memerlukan input organik yang berkali kali lipat jumlahnya dibandingkan pertanian dengan input kimia. Selain itu, mekanisme pengelolaan dan sistem daur ulang limbah organik juga sangat diperlukan, sehingga jika diterapkan dalam skala luas maka harus siap dalam stok input organik yang mungkin sulit atau bahkan tidak mampu memenuhi dalam jangka panjang.
