Berdasarkan alat kelaminnya, ikan Nila jantan memiliki ukuran sisik yang lebih besar daripada ikan Nila betina. Alat kelamin ikan Nila jantan berupa tonjolan agak runcing yang berfungsi sebagai muara urin dan saluran sperma yang terletak di depan anus. Jika diurut, perut ikan Nila jantan akan mengeluarkan cairan bening (cairan sperma) terutama pada saat musim pemijahan.

Sementara itu, ikan Nila betina mempunyai lubang genital terpisah dengan lubang saluran urin yang terletak di depan anus. Bentuk hidung dan rahang belakang ikan Nila jantan melebar dan berwarna biru muda. Pada ikan betina, bentuk hidung dan rahang belakang agak lancip dan berwarna kuning terang. Sirip punggung dan sirip ekor ikan Nila jantan berupa garis putus-putus. Sementara itu, pada ikan Nila betina, garisnya berlanjut (tidak putus) dan melingkar (Amri & Khairuman, 2002).
Secara umum perbedaan ikan Nila jantan dan ikan Nila betina adalah sebagai berikut
Betina :
- Terdapat 3 buah lubang pada urogenital yaitu : dubur, lubang
- pengeluaran telur dan lubang urine.
- Ujung sirip berwarna kemerah-merahan pucat tidak jelas.
- Warna perut lebih putih.
- Warna dagu putih.
- Jika perut distriping/pencet tidak mengeluarkan cairan.
Jantan :
- Terdapat 2 buah lobang pada urogenital yaitu : anus dan lubang
- sperma merangkap lubang urine.
- Ujung sirip berwarna kemerah-merahan terang dan jelas.
- Warna perut lebih gelap/kehitam-hitaman
- Warna dagu kehitam-hitaman dan kemerah-merahan.
- Jika perut distriping/dipencet mengeluarkan cairan (sperma).