Terdapat opini menyimpang dari masyarakat, seperti dipahat makhluk gaib bawah laut.Banyak ahli arkeolog dan geologi menganggapnya sebagai formasi batu yang terbentuk melalui proses alam. Namun, sulit rasanya mempercayai bangunan Yonaguni terbentuk melalui proses alam, mengingat kesempurnaan presisi di setiap susunan batu, hingga membentuk suatu mahakarya seperti itu.
Maka tidak sedikit para ahli menganggapnya sebagai buah tangan manusia.Karena formulasi uniknya dan berada di bawah laut, kini bangunan Yonaguni menjadi daya tarik pariwisata yang cukup populer bagi para penyelam. Namun, para wisatawan yang ingin melihat bangunan misteri ini harus pandai menyelam, karena reruntuhan terletak di perairan terbuka dengan gelombang tinggi dan arus yang kuat.
sumber