Keunggulan dari Raja Ampat yaitu: memiliki jumlah gugusan karang paling besar dan lengkap di dunia, flora dan faunanya terlengkap di dunia, memiliki peninggalan sejarah yang menarik, masyarakat yang sangat ramah, salah satu spot diving terbaik di dunia, memiliki beberapa atraksi menarik, memiliki tempat-tempat yang eksotik, sovenir dan kuliner yang unik, bermacam kegiatan seru selain menyelam seperti bridwatching cendrawasih, mendaki wayag, fotografi bagi yang hobi, memburu kerajinan khas papua dan oleh-oleh.
Namun, Raja Ampat selain mempunyai keunggulan, adapun kelemahannya seperti perjalanan menuju ke sana cukup makan waktu dan wisata ke Raja Ampat termasuk mahal.
