Misteri yang menyelimuti kawasan Area 51 ternyata tidak hanya tentang kegiatan yang berkaitan dengan program pertahanan. Sejumlah saksi mata mempertanyakan adanya fenomena piring terbang yang kerap ada di area tersebut. Menurut sejumlah saksi mata, sangat tidak mungkin jika pesawat biasa dengan bentuk seperti piring diam di udara untuk waktu terbang yang sangat lama. Atas fenomena tersebut ada yang menduga jika piring terbang yang merupakan milik makhluk luar angkasa pernah mendarat di Area 51.
Keterkaitan Area 51 dengan fenomena piring terbang sebenarnya telah berlangsung sejak lama. Bahkan menurut kabar yang dipercaya banyak pakar, tim di Area 51 pernah melakukan penyelidikan terhadap reruntuhan pesawat yang diduga ufo di daerah Roswell negara bagian New Mexico, Amerika Serikat pada tahun 1947. Banyak yang mengatakan jika tim di Area 51 mencoba mengetahui teknologi makhluk luar angkasa untuk mereka terapkan. Ada juga yang menyebutkan telah terjadi konspirasi antara Area 51 dengan makhluk luar angkasa untuk tujuan teknologi pertahanan.
Hingga saat ini memang belum ada pembuktian dan penegasan tentang fenomena ufo di Area 51. Kendati demikian, pada tahun 1989, seorang ahli fisika yang pernah bekerja di salah satu tempat penelitian pada daerah selatan Area 51, Bob Lazar pernah mengklaim telah meneliti pesawat terbang luar biasa canggih dan melakukan komunikasi dengan makhluk luar angkasa. Banyak orang yang kemudian menafsirkan pesawat super canggih tersebut adalah ufo.
