Hal yang mengakibatkan mundurnya kerajaan Singasari yaitu, pada tahun 1292 M, Jayakatwang (Raja kecil di Kediri) melaksanakan pemberontakan. Nyatanya Singasari bisa ditaklukkan dan juga Kertanegara bisa dibunuh. Ini terjadi lantaran sejumlah besar pasukan dikirim buat melaksanakan Ekspedisi Pamalayu. Dengan sedikitnya pasukan yang berada di dalam kerajaan, tentunya sangat mempermudah Jakatwang buat melaksanakan pemberontakan.
Beberapa keluarga di istana melarikan diri yang nantinya akan mendirikan kerajaan Majapahit. Pada akhirnya, Jakatwang naik takhta menjadi Raja Singasari. Saat penyerangan tersebut, Raden Wijaya, menantu Kertanegara bisa lolos dan menyelamatkan diri ke Madura serta mendapatkan pertolongan dari Bupati Sumenep, Arya Wiraraja.
Bersamaan dengan selesainya persiapan buat menyerang Kediri, pasukan Kubilai Khan datang menyerang kerajaan Singasari. Mereka menyangka Singasari masih dipimpin oleh Kertanegara yang sudah menghinanya. Kesempatan kali ini dimanfaatkan oleh Raden Wijaya yang kemudian segera bergabung dengan pasukan Kubilai Khan buat menyerang Singasari.
Dengan gampang, pasukan gabungan antara tentara Mongol dengan pasukan Raden Wijaya sukses menaklukkan Singasari. Setelah sukses menaklukkan Singasari yang disertai dengan tewasnya Jayakatwang, pasukan tentara Mongol berpesta rayakan kemenangannya.
Akan tetapi, tanpa diketahui Raden Wijaya kembali menyerang pasukan Mongol. Pasukan Mongol hancur yang kemudian sisanya pulang kembali ke negerinya. Pada tahun 1293 M, Raden Wijaya membangun Kerajaan Majapahit yang terkenal.
Faktor Runtuhnya Singasari Secara Garis Besar
- Terjadinya konflik pembunuhan berantai oleh anak-anak ken arok yang di kuasai hasrat balas dendam pada keluarga yang di bunuh (dendam keturunan)
- Dikirimnya espedisi serangan pada kerajaan-kerajaan di luar jawa (palmayu) yang mengakibatkan kekurangan pasukan yang berada di dalam kerajaan
- Serangan kerajaan mongol yang di tolong oleh jayakatwang berubah menjadi dua pasukan
- Terbelahnya pasukan singosari buat menangani dua pasukan yang satu diantaranya menjadi umpan serta lainnya menjadi pasukan utama.
- Penghiatan jayakatwang pada kerajaan mongol yang memberontak saat mereka/pasukan mongol lemah (berpesta kemenangan) secara mendadak.