Cerita Gundam Build Fighters dimulai ketika 7 tahun setelah berakhirnya seri 1. Sekarang Seiho Academy Gunpla Batle Klub hanya memiliki satu anggota, yaitu Hoshino Fumina, yang merupakan siswa kelas tiga di SMP. Sebagai ketua klub, dia membutuhkan dua anggota lagi untuk berpartisipasi dalam kompetisi yang akan datang yaitu All-Jepang Gunpla Battle Championships.
Suatu hari dia bertemu seorang pelajar transfer bernama Kamiki Sekai, yang telah melakukan perjalanan di sekitar tempat untuk berlatih Kenpo dengan tuannya. Kemudian bergabung dengan Gunpla builder muda Kousaka Yuuma, tantangan mereka di Gunpla Battle pun dimulai.
