Pemerintahan Daerah Istimewa Yogyakarta merupakan metamorfosis dari Pemerintahan Negara Kesultanan Yogyakarta danPemerintahan Negara Kadipaten Pakualaman, khususnya bagian Parentah Jawi yang semula dipimpin oleh Pepatih Dalem untuk Negara Kesultanan Yogyakarta dan Pepatih Pakualaman untuk Negara Kadipaten Pakualaman. Oleh karena itu Pemerintahan Daerah Istimewa Yogyakarta memiliki hubungan yang kuat dengan Keraton Yogyakarta maupun Puro Paku Alaman. Sehingga tidak mengherankan banyak pegawai negeri sipil daerah yang juga menjadi Abdidalem Keprajan Keraton maupun Puro. Walau demikian mekanisme perekrutan calon pegawai negeri sipil daerah tetap dilakukan sesuai mekanisme peraturan perundang-undangan yang berlaku.
Menurut UU Nomor 22 Tahun 1948 (yang juga menjadi landasan UU Nomor 3 Tahun 1950 mengenai pembentukan DIY), Kepala dan Wakil Kepala Daerah Istimewa diangkat oleh Presiden dari keturunan keluarga yang berkuasa di daerah itu, pada zaman sebelum Republik Indonesia, dan yang masih menguasai daerahnya; dengan syarat-syarat kecakapan, kejujuran dan kesetiaan, dan dengan mengingat adat istiadat di daerah itu. Dengan demikian Kepala Daerah Istimewa, sampai tahun 1988, dijabat secara otomatis oleh Sultan Yogyakarta yang bertahta dan Wakil Kepala Daerah Istimewa, sampai tahun 1998, dijabat secara otomatis oleh Pangeran Paku Alam yang bertahta. Nomenklatur Gubernur dan Wakil Gubernur Daerah Istimewa baru digunakan mulai tahun 1999 dengan adanya UU Nomor 22 Tahun 1999. Saat ini mekanisme pengisian jabatan Gubernur dan Wakil Gubernur DIY diatur dengan UU 13/2012 tentang Keistimewaan Daerah Istimewa Yogyakarta. Birokrasi dan kelembagaan
Di bidang pengembangan kelembagaan Pemerintah DIY telah menetap Peraturan Daerah (Perda) Nomor 5 Tahun 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Sekretariat Daerah dan Sekretariat DPRD DIY, Perda Nomor 6 Tahun 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Dinas Daerah DIY, Perda Nomor 7 Tahun 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Inspektorat, Badan Perencanaan Pembangunan Daerah, Lembaga Teknis Daerah, dan Satuan Polisi Pamong Praja DIY; serta menerapkannya mulai tahun 2009.
Perangkat daerah di DIY antara lain terdiri atas:
· Sekretariat Daerah
· Sekretariat DPRD
· Dinas Kebudayaan
· Dinas Kehutanan dan Perkebunan
· Dinas Kelautan dan Perikanan
· Dinas Kesehatan
· Dinas Pariwisata
· Dinas Pekerjaan Umum, Perumahan dan Energi Sumber Daya Mineral
· Dinas Pendapatan, Pengelolaan Keuangan dan Aset
· Dinas Pendidikan, Pemuda dan Olahraga
· Dinas Perhubungan, Komunikasi dan Informatika
· Dinas Perindustrian, Perdagangan Koperasi dan Usaha Kecil Menengah
· Dinas Pertanian
· Dinas Sosial
· Dinas Tenaga Kerja dan Transmigrasi
· Inspektorat
· Badan Perencanaan Pembangunan Daerah
· Badan Kepegawaian Daerah
· Badan Kerja Sama dan Penanaman Modal
· Badan Kesatuan Bangsa dan Perlindungan Masyarakat
· Badan Ketahanan Pangan dan Penyuluhan
· Badan Lingkungan Hidup
· Badan Pemberdayaan Perempuan dan Masyarakat
· Badan Pendidikan dan Pelatihan
· Badan Perpustakaan dan Arsip Daerah
· Sekretariat Komisi Pemilihan Umum DIY
· Rumah Sakit Grhasia
· Satuan Polisi Pamong Praja
Selain itu di DIY dibentuk Ombudsman Daerah sejak tahun 2004 dengan keputusan Gubernur.
Lembaga Perwakilan Rakyat di Daerah Istimewa Yogyakarta dirintis dengan pembentukan KNI Daerah Yogyakarta pada tahun 1945. Pada Mei 1946 KNI Daerah Yogyakarta dibubarkan dan dibentuk Parlemen Lokal pertama di Indonesia dengan nama Dewan Daerah[46]. Walaupun anggotanya tidak dipilih melalui pemilihan umum, parlemen ini tetap bekerja mewakili rakyat sampai tahun 1948 saat Invasi Belanda ke Kota Yogyakarta. Pada 1951, setelah melalui pemilihan umum bertingkat terbentuklah parlemen lokal yang lebih permanen dengan nama “Dewan Perwakilan Rakyat Daerah Istimewa Yogyakarta”
Susunan anggota DPRD DI Yogyakarta hasil Pemilihan Umum Legislatif 2014 berasal dari sepuluh partai dari 12 partai yang ikut serta dan dilantik pada tanggal 2 September 2014. Setelah periode sebelumnya (2009-2014) didominasi oleh anggota dari Partai Demokrat, DPRD DI Yogyakarta didominasi oleh PDI-P dengan perincian sebagai tercantum dalam tabel.
Dalam menjalankan tugas sehari-hari, DPRD DIY memiliki empat komisi (disebut Komisi A sampai Komisi D), dengan dilengkapi Sekretariat, Badan Kehormatan, dan Badan Anggaran.
Menurut UU Nomor 3 tahun 1950 yang dikeluarkan oleh negara bagian Republik Indonesia yang beribukota di Yogyakarta pada maret 1950, keistimewan DIY mengacu pada keistimewaan yang diberikan oleh UU Nomor 22 Tahun 1948 yaitu Kepala Daerah Istimewa diangkat oleh Presiden dari keturunan keluarga yang berkuasa di daerah itu pada zaman sebelum Republik Indonesia dan yang masih menguasai daerahnya, dengan syarat-syarat kecakapan, kejujuran dan kesetiaan, dan dengan mengingat adat istiadat di daerah itu. Selain itu, untuk Daerah Istimewa yang berasal dari gabungan daerah kerajaan dapat diangkat seorang Wakil Kepala Daerah Istimewa dengan mengingat syarat-syarat sama seperti kepala daerah istimewa. Sebab pada saat itu daerah biasa tidak dapat memiliki wakil kepala daerah. Adapun alasan keistimewaan Yogyakarta diakui oleh pemerintahan RI menurut UU Nomor 22 Tahun 1948 (yang juga menjadi landasan UU Nomor 3 Tahun 1950 mengenai pembentukan DIY), adalah Yogyakarta mempunyai hak-hak asal usul dan pada zaman sebelum Republik Indonesia sudah mempunyai pemerintahan sendiri yang bersifat Istimewa (zelfbestuure landschappen).
Saat ini Keistimewaan DIY diatur dengan UU Nomor 13 tahun 2012 yang meliputi
- tata cara pengisian jabatan, kedudukan, tugas, dan wewenang Gubernur dan Wakil Gubernur;
- kelembagaan Pemerintah Daerah DIY;
- kebudayaan;
- pertanahan; dan
- tata ruang.
Kewenangan istimewa ini terletak di tingkatan Provinsi
Dalam tata cara pengisian jabatan gubernur dan wakil gubernur salah satu syarat yang harus dipenuhi calon gubernur dan wakil gubernur adalah bertakhta sebagai Sultan Hamengku Buwono untuk calon Gubernur dan bertakhta sebagai Adipati Paku Alam untuk calon Wakil Gubernur .
Kewenangan kelembagaan Pemerintah Daerah DIY diselenggarakan untuk mencapai efektivitas dan efisiensi penyelenggaraan pemerintahan dan pelayanan masyarakat berdasarkan prinsip responsibilitas, akuntabilitas, transparansi, dan partisipasi dengan memperhatikan bentuk dan susunan pemerintahan asli yang selanjutnya diatur dalam Perdais.
Kewenangan kebudayaan diselenggarakan untuk memelihara dan mengembangkan hasil cipta, rasa, karsa, dan karya yang berupa nilai-nilai, pengetahuan, norma, adat istiadat, benda, seni, dan tradisi luhur yang mengakar dalam masyarakat DIY yang selanjutnya diatur dalam Perdais.
Dalam penyelenggaraan kewenangan pertanahan Kasultanan Yogyakarta dan Kadipaten Pakualamanan dinyatakan sebagai badan hukum. Kasultanan dan Kadipaten berwenang mengelola dan memanfaatkan tanah Kasultanan dan tanah Kadipaten ditujukan untuk sebesar-besarnya pengembangan kebudayaan, kepentingan sosial, dan kesejahteraan masyarakat. Kewenangan Kasultanan dan Kadipaten dalam tata ruang terbatas pada pengelolaan dan pemanfaatan tanah Kasultanan dan tanah Kadipaten yang selanjutnya diatur dalam Perdais. Perdais adalah peraturan daerah istimewa yang dibentuk oleh DPRD DIY dan Gubernur untuk mengatur penyelenggaraan Kewenangan Istimewa. Selain itu, pemerintah menyediakan pendanaan dalam rangka penyelenggaraan urusan Keistimewaan DIY dalam Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara sesuai dengan kebutuhan DIY dan kemampuan keuangan negara.